Khu công nghiệp Phố Nối A có diện tích 390 ha, đơn vị quản lý là Công ty cổ phần Xây dựng và Phát triển Hoà Phát (nay là Công ty Quản lý khai thác hạ tầng khu công nghiệp Phố Nối A). Hệ thống xử lý nước thải tập trung của khu công nghiệp này được xây dựng từ năm 2008, có công suất 3.000 m3/ngày đêm, trong khi đó theo quyết định 744 của Bộ Tài Nguyên và Môi trường hệ thống xử lý nước thải phải có công suất 10.200 m3/ngày đêm mới đáp ứng nhu cầu thực tế. Theo Chi cục Bảo vệ môi trường Hưng Yên: do công suất chưa đạt tiêu chuẩn nên Công ty Quản lý khai thác hạ tầng khu công nghiệp Phố Nối A chưa hoàn thành các thủ tục cấp phép xả nước thải ra môi trường. Theo đó, việc xả nước thải như hiện nay    là trái phép. Tại đây hiện còn 29 doanh nghiệp chiếm 110 ha chưa đấu nối hệ thống nước thải với nhà máy xử lý tập trung, mà được xử lý riêng rồi trực tiếp xả ra môi trường    và không có sự kiểm soát.

Ngoài ra, Công ty Quản lý khai thác hạ tầng khu công nghiệp Phố Nối A còn chưa chấp hành đầy đủ các qui định về kiểm soát ô nhiễm môi trường định kỳ, việc quản lý chất thải rắn sinh hoạt, chất thải công nghiệp và nguy hại chưa đúng qui định. Một số đơn vị như Công ty TNHH Taeyang Việt  Nam  đốt chất thải ngay trong khuôn viên nhà máy. Không ít doanh nghiệp mới hoạt động cũng chưa đấu nối nước thải vào hệ thống xử lý    như Công ty Alphanam, Công ty Giấy Pulppy Corelex Việt Nam với lượng nước thải phát sinh trên 5.000m3/ngày đêm đã xả trực tiếp ra môi trường.

Nguồn nước thải từ khu công nghiệp Phố Nối A đang gây ô nhiễm nặng các dòng sông, chịu ảnh hưởng nhiều nhất là sông Bần và sông Bắc Hưng Hải. Theo đánh giá của Bộ Tài nguyên và Môi trường, nguồn nước trên 2 dòng sông này không đạt tiêu chuẩn B1 để dùng cho tưới tiêu thuỷ lợi vì các chỉ số BOD, COD vượt tiêu chuẩn nước mặt QCVN.    Hậu quả đã làm cho lượng hoá chất độc hại tại các nguồn nước của khu dân cư vượt tiêu chuẩn từ 2 đến 6 lần. Hệ thống kênh mương, sông hồ đã bị ô nhiễm nặng và không còn khả năng tưới tiêu cho nông nghiệp. Hàng chục con kênh mương đã biến thành dòng nước chết, bốc mùi hôi tanh khó chịu. Nước chảy đến đâu, cá tôm chết nổi đến đó, cây trồng cũng héo rũ. Trên địa bàn Văn Lâm, Mỹ Hào do hệ thống thủy lợi sông ngòi bị ô nhiễm không thể tưới tiêu phục vụ sản xuất, hàng chục ha đất canh tác phải bỏ hoang, không thể cấy trồng vì nguồn nước ô nhiễm nặng.

Không chỉ khu công nghiệp Phố Nối A, tại các khu Công nghiệp Phố Nối B, Như Quỳnh, Minh Đức thuộc địa bàn các huyên Văn Lâm, Mỹ Hào, Yên Mĩ có cả trăm nhà máy xả chất thải tự do gây ô nhiễm, nước thải vượt tiêu chuẩn cho phép ra môi trường như: Trung tâm dệt kim Phố Nối, Chi nhánh công ty cổ phần Yên Mỹ, Công ty cổ phần phát triển hạ tầng dệt may Phố Nối B, Công ty điện lạnh Hoà Phát...    Dư luận cũng ngày càng bức xúc vì ngày càng gia tăng nhà máy, xí nghiệp cứ tự do xả chất thải bừa bải gây ô nhiễm trầm trọng môi trường khu dân cư. Hậu quả là đã xuất hiện không ít "làng ung thư" với hàng trăm người mắc bệnh và thiệt mạng như ở các xã Lạc Đạo (Văn Lâm), Liêu Xá (Yên Mĩ), Dị Sử (Mĩ Hào)... Tuy nhiên, các cấp có thẩm quyền và ngành chức năng vẫn chưa có giải pháp gì để ngăn chặn hiểm họa ngày càng trầm trọng này.